方子字公晦，号果斋，光泽县乌洲人。生于南宋乾道五年(1169)。父名绍祖，祖父李吕。幼从叔父西山先生李郁学，深得西山先生所传杨时龟山之学的要领，朱熹许为讲学友。叔父闳祖、相祖、壮祖都是朱熹的高足，他们的道德文章，都为朱熹所称许。方子在这样“家学之传，远有端绪”的家庭中，从小受到理学思想熏陶，年岁稍大，继叔父从朱熹学，博学能文，深通程朱之学。
他为人端谨纯笃，不苟言笑。初见朱熹时，熹对他说：“观公为人，自是寡过，但宽大中要规矩，和缓中要果决。”因而他把自己的文斋命名为“果斋”，决心从学习中来砥砺自己的个性。后游学太学，学官李道传知道他精通程朱之学，不计官位的高低，亲具名帖去拜望他。后为宋代名臣的牟子才等，也相率跟他学习，京师的学者少有不与他为友的。宋嘉定七年(1214)方子进士及第，廷对名列第三，真德秀评阅他的文卷，赞赏备至，对同僚说：“此必老师宿儒之文”，本拟选为第一名，但同列以为不合时宜，遂评选为第三名，朝廷授以泉州观察推官。嘉定十年(1217)真德秀以右文殿修撰任泉州知州，对他非常推重，尝对人说：“公晦学邃而气平，本经术，明世用，事之大者，余必咨而后行”。公务之暇，两人谈论经训，常至深夜不以为倦。在这期间方子还得到真的积极支持，在泉州刊印朱熹的历史名著《资治通鉴纲目》，嘉定十二年书成，方子写了《资治通鉴纲目后序》。他认为《资治通鉴纲目》是孔子所著《春秋》以后的第一部历史名著，司马光的《资治通鉴》，虽极完备，但“其于《春秋》惩劝之法，又若有未尽同者”，《纲目》就是为了补救《通鉴》的这个缺陷而编写的，它体现《春秋》所昭示于世人的“大经0”。
按照惯例，宋代官吏任期届满，应将任期内所做工作，上报朝廷，以期调升。而他不愿意这样做，以为“以书通，是求也。”丞相史弥远知道这回事后，对他大为不满，所以当他任满一年多，才调迁他为国子监学录，而他不以为悔。不久，他将当选宫僚，所谓宫僚就是太子的属官，但他不为利禄所动，仍丝毫不肯折节以求苟合。结果遭到史弥远一帮人的中伤，被劾罢官，奉祠而归。
方子回到家乡后，在他少年读书的云岩书院，倡道讲学，澹然自得，学者不论远近，慕名而来求学的不绝于途。他对来学的人，训诱不倦，以传播程朱之学为自己应尽的责任。他尝说：“若得真实务学之人，发明纲要，斯道庶不坠耳。”他的学生牟子才和叶采，在理学研究上都有所建树。方子在读书讲学之暇，还尽力于著述，主要著作有《禹贡解》、《传道精语》、《紫阳年谱》3卷、《清源文集》40卷等。宝庆二年(1226)，枢密使真德秀与尚书袁甫将他所著的《禹贡解》进荐于朝廷，朝廷复起用他为辰州(故治在今湖南沅陵县)通判，但他没有赴任，特旨授以朝奉郎(正六品上)致仕，不久病卒，终年58岁。子祜以父荫封为将仕郎(从九品)。
方子一生，外出为官的时间较短，在家读书讲学的时间较多。他恪守朱熹居敬穷理之说，为了做到“内无妄想”，“外无妄动”，他常竟日危坐，不少倾侧。他主张读书要熟读精思，反复涵咏，切己体察，而反对立论以驱率圣言，凿说以妄求新意。他尝对人说：“吾于问学未能周尽，然幸干大本有见处，此心常觉泰然，不为物欲所渎尔。”元代大学问家虞集在他所写的云岩书院记中，称“其于朱氏之学，确守而不变，所谓毫分缕析，致知力行盖终身焉。”