尹耕云(?~1877),字瞻甫,号杏农。淮安府桃源县三义坝(今淮阴县境)人。道光三十年(1850年)中进士,咸丰三年(1853年)十月,他奉调参赞军务。咸丰八年,任湖广道监察御史,代理户科给事中。在镇压云南回民起义和太平军诸军事行动中,屡次为清廷献策,奏议颇多。同年四月,英法联军进犯天津,他7次上疏,并两次与其他官员联名上疏,反对和议,力主决战。次年,尹耕云以“顺天科场案”内监失察罪被降级去任,命回原籍办团练。后因京城危急,暂留协助守城。咸丰十年夏,英法侵略军再次攻陷天津,继续内犯,京师-,清帝将逃往热河,尹耕云又上疏谏阻,亦未被采纳。中英、中法《北京条约》签订后,尹耕云因副都御史河南团练大臣毛昶熙之荐,留河南帮办军务。同治元年(1862年),随僧格林沁进驻金楼寨起义军,因“功”以道员任用。同治三年,代理河陕汝道,节制河陕兵。同治六年,代理粮储盐法道兼管水利局务,用军士浚惠济河,缓黄河溃决之患,堵沁河决口,三月完工,费用少而工程坚固,因功加布政使衔。同治十三年,实授河陕汝道。光绪三年(1877年)大旱,河陕尤其严重。他向上级陈7条救荒意见,又命令下属,清理民间积案,释放久押未决囚犯。
光绪三年,尹耕云病逝于任上。著有《大学绪言》、《豫军纪略》、《心白日斋》、《周易辑说》等。