南居益(?~1644年),字思受,号二太,明代官吏。渭南(今陕西渭南市)人。他是南京吏部尚书南企仲的族子、礼部尚书南师仲堂兄弟的儿子。出身于官宦之家,少年时代注重学业及品德修养。
万历二十九年(1601)举进士,授刑部主事,后升广平知府,山西提学副使,按察使,左右布政使,都在山西任职。
天启二年(1622),南居益入京任太仆卿,下一年升右副都御史,巡抚福建。当时荷兰海盗占据澎湖,进犯漳(今福建漳州)、泉(今福建泉州)。他们又与日本海盗及海贼李旦为伍扰乱。南居益派人招降李旦,荷兰海盗头目高文律恐惧,派使者前来讲和,南居益斩了来使,在镇海港筑城防守,海盗感到穷途无路,就乘船逃走。南居益又派人擒获盗首高文律,海患平息。
五年(1625),南居益升为工部右侍郎,总督河道。当时,宦官魏忠贤专权,因怀恨南居益受熹宗封赏时没有提到自己,被魏阉剥夺了封赏。魏的党羽、给事中黄承吴又劾南居益倚傍门户而显贵,遭革职。为此,福建百姓到京师告御状,为南居益鸣不平,熹宗不听。他们就在当地为南居益立祠祭祀,并在澎湖及平远台立碑纪念。
崇祯元年(1628),朝廷起用南居益为户部右侍郎,总督仓场。二年(1629)十月,后金兵分三路进攻,京师-。南居益在通州守城戒备有方。不久,代理工部尚书。兵部尚书梁廷栋劾郎中王守履失职,而下狱,南居益上疏为王守履辩白,崇祯皇帝批评他“徇私”而被革职回家。后来,评议南居益守城有功,恢复他的官职。
十六年(1643),李自成占领渭南,嘱南居益交出银一百六十万两作军饷。当时其族伯父南企仲已八十三岁,被杀。起义军要南居益和南企仲之子南居业投降,两人都不屈服。下一年(1644)正月,李自成派兵将他俩抓走,加炮烙之刑,两人仍不屈服,-七天后而死。