吴孔嘉（？～？），字元会，别号天石。安徽歙县人。明熹宗天启五年（1625）乙丑科余煌榜进士第三人。
吴孔嘉得中探花后，授翰林编修。翌年，参与编修《光宗实录》，后参加了《三朝要典》的编撰，遂被列为魏忠贤逆党。直到福王时，才被重新起用，并为其翻案。
顺治初年，家乡的老百姓被大清军吓得抱头鼠窜。吴孔嘉冒着生命危险拜见清军提督，请求不要滥杀无辜，老百姓才得以平安。
吴孔嘉入清后的事迹不详。
著有《玉堂际草》、《臣鉴汇编》、《知非录》、《后乐堂集》等。